På Gudenåens lange løb er der en lang række søer.
Følgende søer henregnes til "Gudenåsystemets søer":
- Alling Sø
- Birk Sø
- Guden Sø
- Hald Sø
- Hinge Sø
- Knud Sø
- Lillesø, Ry
- Lillesø, Skanderborg
- Mossø
- Nørre Sø
- Ravn Sø
- Ring Kloster Sø
- Ry Mølle Sø
- Salten Langsø
- Skanderborg Sø/Hylke Sø
- Skanderborg Sø/ Store Sø
- Sminge Sø
- Store Sø, Skanderborg
- Søbygård Sø
- Sønder Sø
- Tange Sø
- Tåning Sø
- Vedsø
- Vessø
- Vestbirksøerne/ Bredvad Sø
- Vestbirksøerne/ Vestbirk Sø
- Vestbirksøerne/ Naldal
- Vrold Sø